Ved matvareintoleranse er det litt annerledes. Symptomene er vanskeligere å oppdage, fordi det er bruk av matvaren over lang tid som fører til irritasjon/forgiftning. Symptomene kommer mye senere, samt at de ofte kan være veldig vage. Hvis man ikke oppdager hvilke matvarer man er intolerant overfor, vil det på sikt kunne utvikle seg til en allergi mot disse matvarene.